La ciencia de la religión nace en el siglo XVII a partir de la pregunta por la procedencia de los dioses, el politeísmo y la «idolatría». Hasta entonces se había aceptado la sugerencia bíblica de la coincidencia, en un principio, entre politeísmo y superstición. Sólo cuando se reveló la existencia de un único Dios se pudo evolucionar hacia el monoteísmo y prescindir de los ritos idolátricos.
En los inicios de la Modernidad este modelo evolucionista fue muy criticado, pues preferían pensar que al principio había prevalecido la idea, natural y ajustada a la razón, de la existencia de un dios único. Según esta visión, el politeísmo habría sido fruto del surgimiento de las comunidades políticas, cuyos gobernantes utilizaban a los dioses para orientar política y moralmente a sus pueblos. En estas circunstancias la religión original pasó a segundo plano y surgieron los misterios.
En el siglo XVII, el antiguo Egipto se erigió en el modelo básico de este desarrollo. Se decía, que aunque los sacerdotes predicaran públicamente el politeísmo en los templos, practicaban en secreto el culto a Isis velada, considerado el primer precedente del «Dios de los filósofos». Durante la Ilustración europea, a finales del siglo XVIII, Lessing, Mendelssohn y otros elevaron esta hipótesis de las religiones dobles a otro plano y los misterios fueron reemplazados por la idea de una «religión humana» universal.
